生理与病理生理学系由原来的生理学教研室和病理生理学教研室合并而成。
原上海医学院生理学教研室正式成立于 1945 年，由我国著名生理学 家徐丰彦 教授（ 国家一级 教授）任首届主任。我国许多近代生理学奠基人和 著名生理学家，如蔡翘、冯德培、吕运明、张鸿德、朱壬葆均在上海医学院工作过，为我国生理学的发展作出了卓越贡献。1980年后，由张镜如、姚泰、李鹏、朱大年教授相继担任教研室主任。
原上海医学院病理生理学教研室创建于 1955 年，由我国著名血液学 家朱益栋 教授任首届主任。 1980 年后，由程立、金惠铭、 殷莲华 教授相继担任主任。
在建系前的几十年里，两个教研室分别在历届主任的带领下，在教学和科研方面进行了卓有成效的工作，并取得了很好的成绩。
上海医学院自1927年建立至今的八十年里，先后经历了建校早期的艰难创业、解放初期的建立新的领导体制和院系调整、文革前十年的全面建设社会主义医科大学、文革时期的浩劫、文革后的拨乱反正、改革开放后的的振兴和两校合并后的再发展等重要历史阶段。我们两个教研室的发展历史是学校发展历史的一个缩影。让我们通过回顾历史，更好地继承和发扬上医优良传统，凝聚全体师生员工的力量，努力促进学科发展，为创建一流医学院而奋斗。
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