复旦大学内科学系成立于2002年，主要承担医学系（五年制和七年制）、法医学系、预防医学系、基础医学、卫生管理、专升本等专业的《内科学》、《高级内科学》、《传染病学》及内科学示教、内科实习。内科学系现有教授50余名，副教授80余名，其中不乏富有教学经验的老教授和年轻有为的教学骨干。素以严谨、博学和善教著称的陈灏珠教授、褚骏仁教授、刘厚钰教授、翁心华教授、林果为教授等仍然战斗在教学第一线，关心和培养年轻教师。许多年轻教师在教学实践中，不懈努力和开拓进取，利用多媒体技术，生动图像资料和最新进展传授医学知识，中山医院内科年轻的副教授朱畴文在第二届中青年教师讲课比赛中荣获二等奖。
内科学系拥有一批重点学科和较先进的科室。华山传染病科为国家重点学科，有着丰富的传染病临床经验、教学素材、较全面的教学图像资料和题库。心脏内科是国家重点学科，在冠心病诊治方面处于世界领先地位，中山医院消化内科是由一个国内外著名内科学家林兆耆教授创建，在国内最早开展伤寒等细菌性传染病、血吸虫病、肝癌及慢性肝病等方面的研究，在国内最早开展腹水浓缩回输、肝病内毒素血症、腹腔镜诊断等方面临床研究工作。现主任王吉耀教授是国际肝病学术学会会员，在门脉高压综合防治方面具有一定的国际学术地位。呼吸学科临床诊治水平国内领先。历史上对中国防痨事业、肺功能和肺结核性呼吸病专业发展都做出过开创性工作。近年来在肺部感染、呼吸衰竭抢救、呼吸康复和纤支镜、胸腔镜技术的临床应用等均为国内领先。肾内科在医疗和科研整体水平上处于国内领先地位，尤其在血液净化疗法、急性和慢性肾功能衰竭研究方面拥有较大的优势。陈灏珠教授曾是《内科学》全国统编教材（第4版和第5版）总主编，也是《实用内科学》的主编。内科学系主任王吉耀教授主编的七年制《内科学》教材荣获十五规划全国统编教材之一。本系教授主编的教材和论著及教学科研成果见附页。