复旦大学上海医学院儿科学系创建于1952年，前身是上海第一医学院儿科学系、上海医科大学医学系儿科学教研室。儿科学系为国家重点学科和“211工程”重点学科。儿科学系主要由复旦大学附属儿科医院儿科学各专业组成，同时还包括其他附属医院的儿科专业。儿科学系的主要职责是承担复旦大学医药卫生各专业的儿科学教学工作，同时还承担复旦大学附属儿科医院的教学相关事务，儿科学系办公室设在复旦大学附属儿科医院，现任系主任是桂永浩教授，副主任为陈超教授。